1926 wurde die Thomas-Gemeinde als "Gemeinschaft in der Ev. Kirche Rheinland" gegründet. Zwei Jahre später kaufte die Gemeinde sich ein Mietshaus. In der Zeit des Zweiten Weltkriegs war die Gemeindearbeit stark eingeschränkt. Das Gemeindehaus war fast zerstört. In der Nachkriegszeit musste die Gemeinde sowohl räumlich als auch personell wieder aufgebaut werden. Mitte der 60er Jahre gab es einen starken Schub für die Jugend- und Familienarbeit und neue Aufbrüche durch Bibelwochen, Freizeiten und evangelistische Einsätze.
Anfang der 70er Jahre wurde der erste hauptamtliche Prediger angestellt. Das Gemeindebewusstsein entwickelte sich dadurch zunehmend deutlicher. 1983 wurde an das Gemeindehaus ein größerer Gottesdienstsaal angebaut. Vierzehn Jahre später wurden alle Gottesdienste auf den Sonntagvormittag verlegt.
Seit 2000 trägt die Gemeinde den Namen Thomas-Gemeinde. Die erste Gemeindevision wurde 2008 beschlossen. 2016 wurde die Gemeindevision 2.0 erarbeitet, die uns die kommenden 10 Jahre eine Richtung geben wird.